现时并未有详尽的研究去比较哪一款子宫颈癌疫苗对于预防子宫颈癌较為有效。 在两种疫苗的对比性研究中，Cervarix（二价疫苗）显示出较Gardasil（四价疫苗）更高的平均血清抗体滴度（GMT), 预示二价子宫颈癌疫苗Cervarix可能具有更长的保护时间。研究显示，Cervarix对宫颈癌的保护可以长达20年以上。
在国外市场上目前主要由两种子宫颈癌疫苗：Cervarix（葛兰素史克生产）和Gardasil（默沙东公司生产）。前者主要含有致癌性（高危型）HPV16和18两种抗原，后者除含有HPV16和18型之外，还含有低危型（主要引起生殖器疣）的HPV6型及11型四种抗原。因此Gardasil除可以预防子宫颈癌之外，还可以同时预防由HPV导致的尖锐湿疣（椰菜花，性病的一种）。相比于四价子宫颈癌疫苗Gardasil（默沙东公司生产），二价宫颈癌疫苗Cervarix（葛兰素史克生产）中添加了特殊的佐剂（疫苗免疫增强剂）。
加卫苗 (Gardasil) 除可预防子宫颈癌外，亦有证据显示可预防外阴癌、阴道癌及性器官疣 (椰菜花)。另外，亦有研究显示，女性于接种卉妍康 (Cervarix) 后，体内所產生的抗体水平较高。 因此，两种子宫颈癌疫苗，可以说Cervarix（二价疫苗）更加专注预防子宫颈癌，保护时间长，而Gardasil（四价疫苗）则预防更加广泛，可以预防除宫颈癌之外的尖锐湿疣。
